Có thể khẳng định rằng chất lượng và hiệu quả đào tạo phụ thuộc vào công tác quản lý và tổ chức. Trong những năm qua Trường Đại học kỹ thuật y tế Hải Dương đã đột phá vào công tác quản lý và tổ chức để góp phần nâng cao vị thế, uy tín của Nhà trường.

Thực tiễn cho thấy việc điều hành và quản lý nhân lực (bao gồm đội ngũ cán bộ, giảng viên và HSSV) thực hiện tốt các nhiệm vụ của Nhà trường; nội dung, chương trình giảng dạy và học tập được triển khai hiệu quả, đúng kế hoạch; đời sống vật chất và tinh thần của tập thể cán bộ, giảng viên và HSSV được nâng cao do công tác quản lý và tổ chức quyết định. Công tác quản lý và tổ chức hiệu quả đã tác động trực tiếp tới chất lượng toàn bộ quá trình đào tạo và phục vụ đào tạo, tạo ra sự thống nhất trong ý chí và hành động, huy động được các nguồn lực và sức mạnh của tập thể trong thực hiện nhiệm vụ góp phần nâng cao chất lượng đào tạo của Nhà trường.

Thực hiện phương châm: công khai, minh bạch, chất lượng, dân chủ và đúng quy trình, ngay sau khi vừa được thành lập ngày 12/7/2007 trên cơ sở nâng cấp trường Cao đẳng Kỹ thuật Y tế I Bộ Y tế, Trường Đại học Kỹ thuật Y tế Hải Dương đã nhanh chóng căn cứ vào Quy chế tổ chức và hoạt động của trường đại học được Bộ Y tế phê duyệt tiến hành sắp xếp, kiện toàn lại cơ cấu tổ chức và bộ máy theo quy định, hiện tại cơ cấu tổ chức của Trường gồm: Ban giám hiệu, Hội đồng khoa học và giáo dục, 9 phòng chức năng, 16 bộ môn, 1 labo Kiểm nghiệm ATVSTP và 1 phòng khám bệnh thuộc Bệnh viện Đại học Kỹ thuật Y tế Hải Dương.

Để tạo điều kiện thuận lợi cho công tác quản lý, điều hành, đồng thời phân định chi tiết, cụ thể chức năng, trách nhiệm, quyền hạn của các đơn vị, bộ phận, cán bộ quản lý, giảng viên và nhân viên trong trường, trên cơ sở những quy định của pháp luật, các văn bản quy định của các Bộ, Ngành liên quan… Nhà trường đã cụ thể hóa, ban hành hệ thống văn bản về tổ chức cán bộ: quản lý nhân sự, quy định về tuyển dụng, bổ nhiệm theo đúng quy trình, chế độ học tập, bồi dưỡng nâng cao trình độ cán bộ, viên chức và chế độ đãi ngộ, động viên, khuyến khích kịp thời người lao động...; Hệ thống văn bản trong quản lý đào tạo cao đẳng, đại học, quy chế đào tạo theo học chế tín chỉ; Hệ thống văn bản về quản lý tài chính, vật tư trang thiết bị: quy chế chi tiêu nội bộ, định mức thanh toán giờ giảng và giờ làm việc, chế độ công tác phí, sử dụng điện thoại, tiết kiệm điện, nước, xăng xe… đồng thời ban hành chi tiết, cụ thể quy định đối với người học như: quy định đối với HSSV trong học tập và rèn luyện, quy định quản lý giảng đường, phòng Internet, thư viện, ký túc xá ... Sau khi được ban hành, nội dung các văn bản và nội quy, quy định được phổ biến công khai tới các cá nhân và tập thể trong toàn trường bằng nhiều hình thức làm cơ sở pháp lý cho việc điều hành, quản lý và thực hiện mọi hoạt động của Trường.

Đảng bộ, Công đoàn, Đoàn Thanh niên và Hội sinh viên Trường hoạt động theo đúng điều lệ quy định trên cơ sở thực hiện nguyên tắc: tập trung dân chủ, tập thể lãnh đạo, cá nhân phụ trách. Dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng ủy, Ban Giám hiệu mọi chương trình, kế hoạch hoạt động của Nhà trường được bàn bạc, lấy ý kiến dân chủ, công khai trong tập thể nhằm tạo ra sự thống nhất cao trong ý chí và hành động làm cơ sở cho việc thực hiện hiệu quả và chất lượng kế hoạch, nhiệm vụ đề ra.